Satu isu yang timbul dalam perbicaraan Siti Bainun ialah kebimbangan konflik kepentingan politik; Siti Bainun pernah menjadi naib ketua Puteri UMNO bagi kawasan Ampang, meskipun tidak lagi menjawat jawatan itu setakat waktu kes.[14] Dalam hal itu, pihak Puteri UMNO menafikan sebarang bentuk kompromi terhadap Siti Bainun selaku figura pertubuhan itu.[15] Pengasas bersama Rumah Bonda, Syed Azmi Alhabshi turut menjadi subjek kebimbangan konflik kepentingan oleh kerana jawatannya sebagai penasihat Mahkamah Kanak-Kanak Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur serta ahli pemegang amanah Yayasan Kebajikan Negara.[16] Selain itu, persoalan juga timbul tatkala satu lagi kes kematian terbongkar dalam sejarah penubuhan Rumah Bonda, yang melibatkan seorang kanak-kanak lelaki pada Mei 2020, yakni persoalan ketiadaan tindakan pihak berkuasa untuk menghentikan Rumah Bonda meskipun dengan kes terdahulu itu.[17]

Satu lagi isu timbul ketika sesi perbicaraan, dengan seorang peguam bela Siti Bainun mendedahkan pemeriksaan balas (soal balas terhadap saksi) di media sosial, seterusnya menerbitkan kebimbangan penggadaian etika perundangan demi kepentingan awam atau peribadi. Walau bagaimanapun, peguam bela mempertahankan perlakuannya, dengan hujah bahawa perbicaraan itu dibuat secara terbuka, tetapi didedahkan secara tak lengkap sehingga menjadi tak neutral lalu memburukkan Siti Bainun.[18]